У меня есть набор файлов с входами fastq.gz (R3003_C0UH3ACXX_ATTACTCG_L005_R1_001.fastq.gz). В этих файлах номера RXXXX не являются последовательными. Однако я получил все имена папок, начинающиеся с R в текстовом файле, по одному в каждой строке. Каждая папка имеет разное количество файлов * _R1 и * _R2. Я хотел бы объединить их, и я использовал cat * _R1.fastq.gz и * _R2.fastq.gz по отдельности, чтобы сделать это. Но у меня есть 500 сэмплов, и я не могу запустить их все так, заходя в каждую отдельную папку и занимаюсь кошкой. Как мне открыть каждую папку в txt-файле, запустить cat, чтобы получить окончательные RXXX.R1.fastq.gz и RXXXX.R2.fastq.gz для каждой папки с al oop? Мое имя файла - R3.txt, в котором перечислены файлы RXXX, и я попытался
for i in cat R3 ; do cat $i*R1*.fastq.gz >$i\.R1.fastq.gz; done
Но он не выполняет то, что я надеялся