несопоставленные чтения с использованием bwa - PullRequest
Новая
       73

несопоставленные чтения с использованием bwa

0 голосов
/ 16 марта 2020

Я пытаюсь использовать BWA MEM для выравнивания некоторых файлов WGS, но я замечаю что-то странное. Когда я использовал samtools flagstat для проверки этих файлов .bam, я заметил, что большинство операций чтения были не отображены. 

76124692 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
308 + 0 secondary
0 + 0 supplementary
0 + 0 duplicates
708109 + 0 mapped (0.93% : N/A)
76124384 + 0 paired in sequencing
38062192 + 0 read1
38062192 + 0 read2
0 + 0 properly paired (0.00% : N/A)
12806 + 0 with itself and mate mapped
694995 + 0 singletons (0.91% : N/A)
11012 + 0 with mate mapped to a different chr
1682 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

Ранее я использовал Samtofastq для преобразования моего файла .bam в .fastq. Когда я возглавляю этот файл, это показано: 

@SRR1513845.100000000/1
AACGAAACGAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAAAAAGAAAGGAACAGAAAAG
+
AAA?=>'2&)&)&&))2(-'(,.%)&31%%'6/6,(1,501046124&6
@SRR1513845.100000000/2
AATTAATTAAGCCCCGAAGGAAGCGAGAAACACTG
+
AAA?B=AB@A@A=?A>AA@?.@?8<.1;><*17?<
@SRR1513845.100000001/1
TATAACCATATAACAAATCCAAGCCCAACAGAGAAGAGAAACAAAAAGA
+
>27<@>&856;.'.&9.%>%::-5194&:+'5);;%1&'/%%999%5(8
@SRR1513845.100000001/2
TCCAACTGATATCGTAATT
+
@3<@A>:8;?:383>=3:=
@SRR1513845.100000003/1
TATCGGTCTTGTTTAG
+
=1;=6?(4>4A13?0A
@SRR1513845.100000003/2
TTCAGGTGCCTCGAAGTTGGATAAGG
+
==>>9@;?3<A5>7);)<9-<25<9?
@SRR1513845.100000004/1
GTCATTTAGCCCAAGAGAATGGC
+
BB@ABA@@A?</A>>25A;@4:5
@SRR1513845.100000004/2
GGAGATCGAGTCAAATTTTATGCTAGGTAT
+
%A:<@7A@@=4AA?7<A5>@;3&?>>:;:>
@SRR1513845.100000012/1
GCGTCGTTATCCAAAA
+
>A:9:?88=<=0&>>9
@SRR1513845.100000012/2
TGGAAATATTTATTACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+
A;>@A;4;=??8=:@;-4<?632;=:67;>=):9>9%88=9
@SRR1513845.100000016/1
CGTGGAATGGGGTGTGATTTAATTATCGAATGGCGTCCGATCCAGATT

Эти символы (<. @; :) являются нормальными и влияют на выравнивание bwa? </p>

Вот мой код bwa: 

bwa mem -M -t 38 -p hsa_GRCh38.fa SRR1513_fastqtosam.fq -o SRRR1513_aligned.bam

и мой код samtofastq 

java -Xmx8G -jar picard.jar SamToFastq \
I= SRR1513_fastqtosam.bam \
FASTQ= SRR1513_fastqtosam.fq \
CLIPPING_ATTRIBUTE=XT \
CLIPPING_ACTION=2 \
INTERLEAVE=true \
NON_PF=true TMP_DIR=./temp

Я застрял в этом через несколько часов. Заранее спасибо!

ОБНОВЛЕНИЕ:

Я просто заметил флаг во время выравнивания bwa mem 

[M::mem_pestat] skip orientation FF as there are not enough pairs
[M::mem_pestat] skip orientation RF as there are not enough pairs
[M::mem_pestat] skip orientation FR as there are not enough pairs
[M::mem_pestat] skip orientation RR as there are not enough pairs
...