"Samtools index {input}" не выводит индексный файл .bam.bai

Question

rule samtools_sort:
    input:
        "alignment.bam"
    output:
        "alignment.sorted.bam"
    shell:
        "samtools sort {input} -o {output}"

rule samtools_index:
    input:
        "alignment.sorted.bam"
    output:
        "alignment.sorted.bam.bai"
    shell:
        "samtools index {input}"

Я выполнил эту команду, но не получил индексный файл. Если я сделаю это, указав c для файла alignment.sorted.bam.bai, он будет распечатан, но когда я запускаю его в рабочем процессе, он не распечатывается.