Я искал часы и не могу найти ответ на свой вопрос.Я установил zlib, используя исходники из zlib.net с mingw32-make -fwin32/Makefile.gcc && mingw32-make install -fwin32/Makefile.gcc, как сказано в файле Makefile.gcc, а также пытался установить с помощью mingw-get install zlib и mingw-get install zlib-dev, и правильные файлы попадают в папки компиляции:
cp -fp zlib.h '/mingw/include'
cp -fp zconf.h '/mingw/include'
cp -fp libz.a '/mingw/lib'
Но затем я пытаюсь скомпилировать RSEM версии 1.3.1 через mingw32-make и по какой-то причине mingw не может найти файл zlib.h, когда он буквально находится в папке C:\MinGW\include.Где я могу найти путь к моей машине сборки MinGW?
Вот мои результаты:
RSEM-1.3.1$ mingw32-make
g++ -o rsem-extract-reference-transcripts extractRef.o
g++ -o rsem-synthesis-reference-transcripts synthesisRef.o
g++ -o rsem-preref preRef.o
g++ -o rsem-build-read-index buildReadIndex.o
g++ -o rsem-simulate-reads simulation.o
cd samtools-1.3 && ./configure --without-curses && C:/Perl64/site/lib/auto/MinGW/bin/mingw32-make -f Makefile samtools
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.exe
checking for suffix of executables... .exe
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking location of HTSlib source tree... htslib-1.3
checking for zlib.h... no
checking for inflate in -lz... no
configure: error: zlib development files not found
Samtools uses compression routines from the zlib library <http://zlib.net>.
Building samtools requires zlib development files to be installed on the build
machine; you may need to ensure a package such as zlib1g-dev (on Debian or
Ubuntu Linux) or zlib-devel (on RPM-based Linux distributions) is installed.
FAILED. This error must be resolved in order to build samtools successfully.
./configure: line 38: sort: No such file or directory
./configure: line 35: sed: No such file or directory
mingw32-make: *** [samtools-1.3/samtools] Error 1