Как мне объединить файлы bam с похожими именами файлов в al oop? - PullRequest
Новая
       53

Как мне объединить файлы bam с похожими именами файлов в al oop?

0 голосов
/ 18 марта 2020

У меня есть 2 файла с файлами bam, и некоторые примеры имен перекрываются между двумя файлами (на основе первых 19 символов ... Как объединить два файла из каждой папки, основываясь только на первых 19 символах и конце

ex)

Папка 1: iPCR120_SC106_L1416_S224.trimmed.oviscan.nucl.sorted.rmdup.bam iPCR121_SC119_L1489_S287.trimmed.oviscan.nucl.sorted.6 * 100. Folder . имя файла, которое требуется) iPCR121_SC119_L1489_S287.trimmed.oviscan.nucl.sorted.rmdup.bam

Я использовал это, которое работало бы, если бы раздел _Sxxx.trimmed отображался 

for file in .rmdup.bam; do
  [[ ! -f $file ]] && continue      
  otherfile="../raw/$file"
  [[ ! -f $otherfile ]] && continue 
  samtools merge "../combined/${file}.merged" "$file" "$otherfile"
done
...