Теги выравнивания формата SAM (последовательность / карта)

Question

Я использую samtools для удаления дубликатов. Чтобы пометить, а затем удалить дубликаты, markdup использует теги ms (mate Score) и M C (mate cigar), которые предоставляет fixmates.

Кто-нибудь точно знает, что это за теги? Как дела с исправлениями?

Спасибо за помощь!

Answer 1

Тег

MC предназначен для СИГАР Mate, тогда как sh - СИГАР его помощника. ms не является стандартным тегом, но я предполагаю, что это оценка его помощника.

Подробную информацию можно найти в спецификации: https://samtools.github.io/hts-specs/SAMtags.pdf

fixmates должен просто копировать данные от одного помощника к другому и наоборот.

Кстати, это не вопрос программирования, поэтому это не то место, где можно об этом спрашивать. Лучше попробуй в биоинформатике.