Ошибка GORK ReorderSam: неверный ссылочный индекс - PullRequest
Новая
       48

Ошибка GORK ReorderSam: неверный ссылочный индекс

0 голосов
/ 17 января 2020

Ошибка GATK при попытке запустить утилиту ReorderSam. Подробно ...

В одном каталоге у меня есть следующие файлы: 

homo_sapiens.fa
homo_sapiens.fa.bwt
homo_sapiens.fa.pac
homo_sapiens.fa.ann
homo_sapiens.fa.amb
homo_sapiens.fa.sa
homo_sapiens.fa.fai
homo_sapiens.dict

Справочные индексы et c были созданы с использованием следующего кода: 

bwa index -a bwtsw /path/homo_sapiens.fa

java -jar $EBROOTGATK/gatk-package-4.1.0.0-local.jar CreateSequenceDictionary --REFERENCE=homo_sapiens.fa --OUTPUT=homo_sapiens.dict

samtools faidx homo_sapiens.fa

Это завершено без ошибок. Затем я запустил следующий скрипт: 

java -jar $EBROOTGATK/gatk-package-4.1.0.0-local.jar MarkDuplicates \
--TMP_DIR tmp \
-I ${sample}.bam \
-O ${sample}_dedup_reads.bam \
-M ${sample}_metrics.txt \
--CREATE_INDEX true \
--VALIDATION_STRINGENCY LENIENT

Это запустилось без ошибок. Затем я запустил следующий скрипт: 

java -jar $EBROOTGATK/gatk-package-4.1.0.0-local.jar ReorderSam \
--TMP_DIR tmp \
-I ${sample}_dedup_reads.bam \
-O ${sample}_dedup_sorted_reads.bam \
-R /path/homo_sapiens.fa \
--CREATE_INDEX true \
--VALIDATION_STRINGENCY LENIENT \
--ALLOW_INCOMPLETE_DICT_CONCORDANCE false

Я также попробовал его с --ALLOW_INCOMPLETE_DICT_CONCORDANCE true, но безуспешно.

Я получаю ошибку: 

java.lang.IllegalArgumentException: Invalid reference index -1
    at htsjdk.samtools.QueryInterval.<init>(QueryInterval.java:24)
    at htsjdk.samtools.SamReader$PrimitiveSamReaderToSamReaderAdapter.query(SamReader.java:533)
    at picard.sam.ReorderSam.doWork(ReorderSam.java:158)
    at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:295)
    at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.PicardCommandLineProgramExecutor.instanceMain(PicardCommandLineProgramExecutor.java:25)
    at org.broadinstitute.hellbender.Main.runCommandLineProgram(Main.java:162)
    at org.broadinstitute.hellbender.Main.mainEntry(Main.java:205)
    at org.broadinstitute.hellbender.Main.main(Main.java:291)

Кто-нибудь может пролить свет на это? Страница форумов GATK в настоящее время заблокирована (403 запрещено), поэтому я не могу просматривать возможные решения.

Спасибо

Laura

...