Ваш вопрос супер неясен. Вы хотите, чтобы третья переменная имела случайное распределение между 0 и 1, или вы хотите, чтобы 3-я переменная следовала некоторой кривой, основанной на переменных 1 и 2? В любом случае, вот пример генерации случайных данных в диапазоне от 0 до 1.
import numpy as np
X1 = <some data>
X2 = <some data>
X3 = np.random.random(100)
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Теперь, как я понимаю, вы хотите усреднить по повторениям. Вы можете просто l oop над вашими данными. Например,
repeats = {}
for n,(x,y) in enumerate(zip(X1,X2)):
repeats[(x,y)] = repeats.get((x,y),[]) + [X3[n]]
repeats = {k:sum(v)/len(v) for k,v in repeats.items()}
Конечно, если вы хотите, чтобы ваш код был намного эффективнее и быстрее, вы можете использовать numpy.