Во-первых, я бы не рекомендовал .obj для этой цели, поскольку формат файла obj не поддерживает анимацию, только статические 3D-модели. Поэтому вам нужно будет экспортировать данные анимации в виде отдельного файла, который вы загружаете одновременно с объектом.
Какой формат файла я бы порекомендовал, зависит от того, какие именно у вас анимации. Я не могу вспомнить, какие форматы файлов поддерживает Blender, но, насколько я помню, он не экспортирует файлы Collada с анимацией, что было бы наиболее общей рекомендацией. Другими вариантами могут быть md2 для анимации персонажей или 3ds для простых анимаций «жесткие объекты движутся вокруг». Я думаю, что экспортер FBX в Blender'е будет работать, хотя этот формат файла может быть слишком сложным для ваших нужд.
Тем не менее, и, предполагая, что вам нужны только простые движения жестких объектов, вы можете использовать .obj для фигур 3D-модели, а затем написать простой скрипт Python для экспорта файла из Blender, в котором есть ключевые кадры в списке с рамкой, положение и вращение для каждого ключевого кадра. Затем загрузите эти данные в свой код и воспроизведите эти ключевые кадры на 3D-модели.