Если 5000 кубов уже дают плохие частоты кадров, вам следует подумать об изменении способа рендеринга кубов.
Нам очень непонятно, для чего вы рисуете кубики. Если они статичны (т.е. не двигаются), то лучше всего упаковать их все в один вершинный буфер. Если кубы должны двигаться, то вы должны пойти на инстансинг. Если вы собираетесь создать ландшафт из кубов, например, майнкрафт, то вам следует создавать буферы вершин, но размещать только те грани кубов, которые действительно видимы.
Я бы хотел помочь больше, но я не уверен, что ты делаешь.