Ошибка Biopython - система не может найти указанный файл - PullRequest
Новая
       8

Ошибка Biopython - система не может найти указанный файл

1 голос
/ 19 января 2012

Я столкнулся с ошибкой, которую не могу устранить.

Я пытаюсь выполнить самый простой набор команд, которые будут выполнять алгоритм tBLASTn, ища последовательность (последовательность, указанная как "pytanie".fasta "файл) в базе данных (также указывается как файл -> cucumber.fasta).Результат будет сохранен в файле "wynik.txt".

Код выглядит следующим образом: 

from Bio.Blast. Applications import NcbitblastnCommandline
database = r"\Biopython\cucumber.fasta"
qr = r"\Biopython\pytanie.fasta"
output = r"\Biopython\wynik.txt"
e = raw_input("Enter e-value: ")
tblastn_cline = NcbitblastnCommandline(cmd='blastn', db=database, query=qr, out=output, evalue=e, outfmt=7)

print tblastn_cline

stdout, stderr = tblastn_cline()

И я получаю ошибку: 

 File "C:\Users\IBM_ADMIN\Desktop\PYTHON\Workspace\Biopython\blast.py", line 20, in <module>
stdout, stderr = tblastn_cline()
File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 435, in __call__
shell=(sys.platform!="win32"))
File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
errread, errwrite)
File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 893, in _execute_child
startupinfo)
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

Я использую:

  • ЗатмениеВерсия SDK: 3.7.1
  • Версия Python 2.7
  • ОС: 64-битная Windows 7

Я пробовал это также на 32-битной Windows XP, и он производитта же ошибка.Пакет Biopython должен работать нормально, поскольку он прошел тесты, предложенные сайтом biopython.Я также пробовал другие форматы пути, где находятся файлы, но это не сработало.Мой друг использует тот же код в Ubuntu, и он отлично работает.

Кто-нибудь знает, как исправить эту ошибку?

1 Ответ

0 голосов
/ 19 января 2012

Каковы пути к файлам?

Путь r"\Biopython\cucumber.fasta", например, является абсолютным путем на текущем диске (поскольку он начинается с обратной косой черты и без буквы диска), который, как мне кажется, в вашем случае равен r"C:\Biopython\cucumber.fasta". Это правильно?

...