Как получить расстояние между двумя атомами, используя для цикла?

Question

У меня есть одна структура PDB.Эта структура имеет 13 остатков.Я должен найти расстояние между двумя атомами (только C, O, N, S), используя для цикла.Сначала я должен найти расстояние между первым и вторым остатком.после этого первый и третий остаток до первого и 13-го остатка и так далее.Как я могу написать скрипт Python, используя для цикла?

Answer 1

Используя координаты XYZ, вы можете рассчитать расстояния между каждым атомом.Сначала вам нужно проанализировать файл PDB и сохранить координаты.Затем просто переберите список атомов (для атома в list_of_atoms) и вычислите евклидово расстояние между ними ..

http://en.wikipedia.org/wiki/Euclidean_distance#Three_dimensions

Модуль Bio.PDB в Biopython также позволяет легко выполнять такие вычисления.