Как я могу запустить clustalw с помощью Biopython - PullRequest
Новая
       1

Как я могу запустить clustalw с помощью Biopython

0 голосов
/ 22 июня 2011

Я использую Windows 7. Я установил Python 2.7 и Biopython 1.57.Я создал следующий скрипт: 

from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL 
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta") 
print("Command line: %s"%cl) 
clpath="C:\Program Files\ClustalW2\clustalw2.exe" 
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta",command=clpath) 

from Bio.Clustalw import do_alignment align = do_alignment(cl)

Но я получил сообщение об ошибке.

1 Ответ

4 голосов
/ 22 июня 2011

Это плохо сформулированный вопрос - где детали?

Удалось ли вам установить и запустить ClustalW в командной строке вручную?Какая версия?Какую версию Biopython вы пробовали?Какую ОС вы используете (это может иметь большое значение)?Какие сообщения об ошибках вы получили?

Пробовали ли вы примеры запуска ClustalW в руководстве по Biopython?http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html или http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf

...