Какие атомы требуются в Biopython calc_dihedral () для вычисления всех трех двугранных углов?

Question

Я хочу вычислить все три двугранных угла в остатке.

calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4) Биопиона требует векторные координаты четырех атомов в качестве аргументов и возвращает вывод одного значения. Я не уверен, какой из трех представленных углов представляет.

Пожалуйста, предложите, какие атомы в остатке требуются для вычисления того, какой угол и в каком порядке координаты атомов должны быть заданы в функции в качестве аргументов.

Answer 1

Двугранный угол «скручивается» вдоль связи атомов 2 и 3 в цепочке из четырех атомов 1, 2, 3 и 4.

Два двугранных угла psi и phi используются на графиках Рамачандрана, и получить их легко в Biopython - см. http://www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/

Какие три углы вы ищете?

Answer 2

Нам нужны только атомы остова N, CA, C. поэтому для белковой цепи мы получаем N, CA, C, N, CA, C , N, CA, C, N, CA, C.

нам нужно определить их в плоскости, чтобы узнать угол, нам нужны две плоскости (плоскость 1: C, N, CA) (плоскость 2: N, CA, C). мы пренебрегаем N, CA для первого остатка. Рассмотрим только жирные атомы. Таким образом, вы отправляете жирным шрифтом атомы (3 атома одного остатка и 4 атома из второго остатка). Я не знаю о омега.