Модуль HSExposure () не вызывается

Question

from Bio.PDB import *
parser=PDBParser()
structure=parser.get_structure('cal1','3CLN.pdb')
model=structure[0]
chain=model["A"]
hse=HSExposure()
expca=hse.calc_hs_exposure(model,option='CA3')
print expca[chain[40]]

Когда я выполняю этот код, я получаю эту ошибку:

File "D:\python\Core\pdb_2.py", line 6, in <module>
    hse=HSExposure()
TypeError: 'module' object is not callable

Что с ним не так?

Answer 1

Для тех, кто, как я, все еще ищет ответ:
Большинство учебников, похоже, ошибаются.То, что сработало для меня, было

exp_ca = HSExposureCA(model)  
res_id = residue.get_id()  
print(exp_ca[(chain.get_id(), res_id)])  

Обратите внимание, что HSEalpha не определена для первого и последнего остатков цепи.

Answer 2

HSExposure - это модуль, а не класс, поэтому вы не можете создать его экземпляр. В этом модуле есть группа классов, поэтому я предполагаю, что вам нужен один из них.