Я не понимаю, как указать путь для файла, который я хочу открыть в Python

Question

Я новый пользователь Python и попытался импортировать файлы в формате genbank и fasta.В своей документации они приводят пример, который иллюстрирует, как мы можем импортировать наборы данных в Python.в частности, они приводят следующий пример в Учебном пособии и Руководстве по Biopython, стр. 16:

from  Bio  import  SeqIO

for  seq_record  in  SeqIO.parse("ls_orchid.gbk",  "genbank"):
    print  seq_record.id
    print  repr(seq_record.seq)
    print  len(seq_record)

Теперь на странице 14 они упоминают, что исходный код Biopython содержит этот файл, который является истинным.Тем не менее, как Python узнает через SeqIO Bio Import, где именно находится файл?Обратите внимание, что я попробовал приведенный выше код после установки biopython и его компонентов, но он никогда не работал?

Кроме того, могу ли я просто указать путь к файлу genbank и открыть его как-нибудь!

Спасибо

Answer 1

Похоже, вам нужно сохранить файл ls_orchid.gbk в том же каталоге, что и ваш скрипт на python, иначе вам нужно будет указать полный путь к файлу. Вы также можете просто скачать любой файл genbank из NCBI и добавить его в каталог или указать его местоположение как таковое

for seq_record in SeqIO.parse("~/File Location/File Name", "genbank")

Answer 2

Согласно http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc10

Вам необходимо скопировать файлы в локальный каталог

Когда этот учебник был изначально написан, этот поиск дал нам только 94 хиты, которые мы сохранили как отформатированный текстовый файл FASTA и как GenBank отформатированный текстовый файл (файлы ls_orchid.fasta и ls_orchid.gbk, также включены в исходный код Biopython под Docs / учебник / примеры /).

Если вы запустите поиск сегодня, вы получите сотни результатов! когда следуя инструкции, если вы хотите увидеть тот же список генов, просто скачайте два файла выше или скопируйте их из документации / примеров / в исходный код Biopython. В разделе 2.5 мы рассмотрим, как сделать Ищите как это внутри Python.

Answer 3

Я поместил Genbank и FASTA в C: \ Python27. Я могу проанализировать все другие форматы файлов, такие как Newick, PhyloXML и т. Д. Вам следует связаться с разработчиками для получения дополнительной информации