Cocos2d сохраняет / освобождает [SimpleAudioEngine sharedEngine], и я не думаю, что вы управляете этим за пределами sharedEngine.
Ключом к этому может быть то, как вы в приложении указали, как ваше приложение подает в отставку и становится активным.
Нехорошо хранить все ваши аудиофайлы в памяти, особенно если приложение было приостановлено в течение некоторого времени и, таким образом, [SimpleAudioEngine sharedEngine] заботится об управлении памятью.