Как разрешить некорректное размещение текста в Circos SVG?

Question

У меня есть следующая Circos диаграмма, которую я визуализировал как файл SVG, а затем преобразовал в PNG для целей иллюстрации:

Текстовые метки, которые окружают внешний обод, ориентированы правильно от 12 до 9 часов и направлены наружу, от серых дуг.

Между 9 и 12 текстовые метки ориентированы внутрь, перекрывая серую дугу. Этого не ожидается.

Вот крупный план, чтобы прояснить проблему:

Если я выведу PNG из Circos вместо SVG, метки будут нарисованы правильно, но тогда я потеряю возможность разметить векторную фигуру SVG в Adobe Illustrator или Inkscape. Поэтому мне нужен вывод SVG.

Вот фрагмент файла circos.conf, относящийся к добавлению меток:

<image>
dir = /tmp
file = circos.png
png = yes
radius = 3000p
background = white
angle_offset = -176
</image>

...

<plots>
<plot>
type                           = text
color                          = black
file                           = factorList.txt
r0                             = 1r
r1                             = 1r+200p
label_size                     = 12p
label_font                     = condensedbold
padding                        = 0p
rpadding                       = 0p
label_snuggle                  = yes
max_snuggle_distance           = 1r
snuggle_sampling               = 2
snuggle_tolerance              = 0.25r
snuggle_link_overlap_test      = yes 
snuggle_link_overlap_tolerance = 2p
snuggle_refine                 = yes
</plot>
</plots>

Я не уверен, какие еще варианты я могу применить, чтобы попытаться решить эту проблему. Мой вопрос: что я должен попробовать в этом или другом файле конфигурации, который исправляет вывод SVG? Спасибо за ваш совет.

Answer 1

Может быть, вы можете попробовать эту опцию:

label_rotate = no

И я думаю, что приведенная выше компоновка вызвана опцией snuggle, а также проверьте ваш conf-файл и убедитесь, что все «r0» и «r1» сюжета (type = text) больше 1r.

Вот пример циркового урока