Я пытаюсь написать код, который автоматически извлекает файл tsv, содержащий начальную и конечную позиции.И я хочу использовать эти позиции для извлечения подстроки из последовательности fasta.Я пытался сделать это:
import csv
import re
species_pos = '(\d* \d*)\D'
c_species_pos = re.compile(species_pos)
with open('/home/elissar/Documents/Fasta_sequences/start.tsv') as tsvfile:
tsvreader = csv.reader(tsvfile, delimiter="\t")
for line in tsvreader:
pos_found = re.findall(c_species_pos, re.Pattern)
print(species_pos)
tsvfile.close()
Но он возвращает:
type error: expected string or bytes-like object