Получение неправильного качества при использовании SeqIO конвертировать из ab1 в fastq - PullRequest
0 голосов
/ 01 июля 2019

Я использую SeqIO из пакета Biopython для преобразования файлов ab1 в файл fastq, и некоторые файлы получают неправильные оценки.на самом деле только один результат ("!")

SeqIO.convert('filename'+'.ab1', "abi", 'filename'+".fastq", "fastq")

пример результата:

@ filename GAACNGNCGCTGCCTATACTGCAAGTCGAGCGGACAGTAAGGGAGCTTGCTCCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGT + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Преобразование не работает ни в одной программе, поэтому проблема, похоже, в самих файлах.

...