Не удается установить GO.db в BiocManager - PullRequest
Новая
       25

Не удается установить GO.db в BiocManager

0 голосов
/ 22 марта 2019

Я быстро просмотрел другие сообщения, но не смог найти сообщение с такими же ошибками, даже если некоторые из них являются довольно распространенными сообщениями об ошибках, поэтому извиняюсь, если я пропустил предыдущую ветку.

Я пытаюсь установить пакет BioConductor "GO.db", но постоянно получаю сообщение об ошибке: 

> BiocManager::install("GO.db") Bioconductor version 3.8 (BiocManager
> 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'GO.db' installing the source package ‘GO.db’
> 
> trying URL
> 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.7.0.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 31820876 bytes (30.3 MB)
> downloaded 30.3 MB
> 
> * installing *source* package 'GO.db' ... Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) :   problem copying .\NAMESPACE to
> C:\Users\Name\Documents\R\win-library\3.5\GO.db\NAMESPACE: Permission
> denied Warning in file(file, if (append) "a" else "w") :   cannot open
> file 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db/DESCRIPTION':
> Permission denied Error in file(file, if (append) "a" else "w") :   
> cannot open the connection ERROR: installing package DESCRIPTION
> failed for package 'GO.db'
> * removing 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db' In R CMD INSTALL
> 
> The downloaded source packages are in
>         ‘C:\Users\Name\AppData\Local\Temp\RtmpeYicUm\downloaded_packages’
> installation path not writeable, unable to update packages: class,
> codetools,   Matrix Update old packages: 'assertthat', 'mgcv'

Я пытался переустановить BiocManager, я продолжал удалять каталогиМне сказали.Я даже пытался запустить R от имени администратора.Но все эти попытки собирают одинаковые сообщения об ошибках.Я видел предложение использовать R CMD INSTALL с какой-то командой о блокировке, но, поскольку это пакет BioConductor, это решение, по-видимому, здесь недоступно.

1 Ответ

0 голосов
/ 24 марта 2019

После попытки загрузки пакета несколькими способами и установки из локального файла мне все равно не повезло.

По неизвестным мне причинам, тем не менее, мне пришлось уменьшить защиту файлов с помощью антивирусного программного обеспечения. R уже был в списке программ, которым разрешено изменять мои файлы, но по какой-то причине он все еще блокировался, и только для закапывания пакета GO.db - хотя я думаю, я найду еще несколько таких случаев в будущем.

...