R heatmaply: показать значения с высоким выражением сверху

Question

Тепловая карта с высокими значениями выражения внизу

Я довольно новичок в Rstudio и пытаюсь создать тепловую карту с помощью функции heatmaply в r, но в некоторых тепловых картах(с другими данными) верхние значения выражения (красным цветом) отображаются сверху, а с другим набором данных высокие значения выражения отображаются внизу, а низкие значения выражения вверху, как на изображении.

Я использую один и тот же код для разных наборов данных

heatmaply(Heatmap_DEXFORM, dendrogram = "row", scale_fill_gradient_fun = scale_fill_gradient2(low="blue",high="red", midpoint=0,limits=c(-4,6))

Это результат того, как формируются мои данные?Есть ли команда, в которой я могу сделать так, чтобы тепловая карта переворачивалась так, чтобы верхние значения выражения отображались сверху, как в других моих тепловых картах?

Заранее спасибо!

Answer 1

тепловые карты обычно упорядочиваются на основе иерархической кластеризации , а не величины значений.Чтобы упорядочить по величине (максимум сверху или наоборот), вам нужно будет предоставить дендрограмму (как предложил Тал) или вручную переупорядочить данные (например, на основе суммы строк или средних значений строки (или суммы столбцов /).значит)).

См. пример игрушки ниже.

mat <- scale(mtcars)
heatmaply(mat, dend = "none")
heatmaply(mat[order(rowSums(mat)), ], dend = "none")