Я использую функцию globalcc Biopython, чтобы выровнять стандартизированную версию слова и диалектную версию.К сожалению, иногда выравнивание не выполняется без видимых причин, и возвращается пустой список.
align.globalcc(Word,Dialectal,matchfunc,gapfunctionA,gapfunctionB,gap_char=['-'])
Использование «lyödään», «lywwään» в качестве пары слов завершается ошибкой, хотя программа работает, как и ожидалось, для многих близких вариантов (я проверил ее для «lyödään», «lywään», например, и он вернулсяожидаемое выравнивание).
Редактировать: Хорошо, похоже, проблема в функции сопоставления.Используя менее строгое наказание за выравнивание некоторых символов, globalcc возвращает хотя бы одно выравнивание.Однако я все еще озадачен поведением, так как у меня сложилось впечатление, что globalcc сортирует возможные выравнивания, т.е. наилучшее выравнивание должно быть возвращено при любых обстоятельствах, даже если его оценка крайне низка.