Как конвертировать CSV в GFF3?

Question

Я хочу преобразовать файл .csv в файл GFF3.CSV-файл содержит данные аннотации.Я знаю, что мне нужно разобрать файл .csv, а затем записать файл .gff, но я не знаю полный код

Answer 1

В Libreoffice объедините все столбцы, которые должны быть в столбце 9 GFF3. В конечном итоге они будут разделены пространством. Затем экспортируйте ваш файл как значения, разделенные табуляцией. Полученный файл будет иметь 9 столбцов с разделителями табуляции. Используя sed, замените пробелы на точки с запятой. Кроме того, если я правильно помню, ID должен быть первым атрибутом в столбце 9 GFF3, а не Name.

Answer 2

Привет Спасибо за ответы. Вот что содержит мой CSV-файл: введите описание изображения здесь

Должно быть легко преобразовать его в GFF3, поскольку в нем уже есть все 9 столбцов, я пытаюсь разделить столбцы по вкладкам, но, к сожалению, это не работает.