Во-первых, simscape - это полностью автономный инструментарий, поэтому для его запуска не требуется PDE.
Переходя к большему вопросу, simscape отличается от simulink тем, как он обрабатывает сигналы данных и порты. Стандартный Simulink передает данные между блоками, используя порты. Блоки выполнены относительно линейно.
Однако Simscape использует нечто, называемое физическими портами, которые не работают одинаково линейно. С точки зрения сравнения программного обеспечения это было бы больше похоже на Amesim или язык моделирования Modelica . Блоки, используемые в simscape, содержат множество PDE, линейных уравнений и выражений. Физические порты определяют, как эти уравнения соединяются и зависят друг от друга. Каждый временной шаг обычно решается / сходится численно.
Очевидно, что есть еще много различий, однако это то, что, казалось, наиболее соответствует тому, что вы упомянули в вопросе. Более подробную информацию о Simscape, а также некоторые очень хорошие вебинары по продукту можно найти на странице simscape продукта