Чтение файлов BAM - rsamtools - PullRequest
Новая
       18

Чтение файлов BAM - rsamtools

0 голосов
/ 04 сентября 2018

Я пытаюсь провести некоторый анализ последовательности MeDIP, и в процессе чтения файлов BAM я получаю схожую ошибку, какую бы библиотеку я ни использовал, чтобы запустить код.

Ниже приведен пример с samtools: 

library(Rsamtools)
bamFile <- "TI_meDIP_2x.bam"
readBAM <- function(bamFile){
    bam <- scanBam(bamFile)
    .unlist <- function (x){
         x1 <- x[[1L]]
        if (is.factor(x1)){
            structure(unlist(x), class = "factor", levels = levels(x1))
        } else {
            do.call(c, x)
        }
     }

     bam_field <- names(bam[[1]])

     list <- lapply(bam_field, function(y) .unlist(lapply(bam, "[[", y)))

    bam_df <- do.call("DataFrame", list)
     names(bam_df) <- bam_field

     #return a list that can be called as a data frame
     return(bam_df)
 }

bam1 <- readBAM(bamFile)

Я получаю следующую ошибку: 

Error in value[[3L]](cond) : 
failed to open BamFile: SAM/BAM header missing or empty
file: 'TI_meDIP_2x.bam'
In addition: Warning message:
In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) :

Я попытался связаться с моим соавтором, который прислал мне файл BAM, и похоже, что в заголовке нет ошибок. Я не уверен, что это ошибка из-за кода или из-за нехватки памяти. Спасибо

...