Импорт данных из postgres в cytoscape

Question

Я пытался загрузить некоторые данные ГИС из базы данных postgis в Cytoscape 3.6.Я пытаюсь получить некоторые значения inDegree и outdegree. Я использовал формат файла sif.

Пока данные записываются в следующем формате

source_point \ tinteracts with \ttarget_point

Cytoscape с радостью прочитает его.

Мне просто интересно, есть ли вообще возможность включить мою собственную метрику для стоимости получения между source_point и target_point

Answer 1

Конечно!Существует несколько способов чтения текстовых файлов в Cytoscape - SIF является лишь одним из них.Я хотел бы создать файл, который выглядит как SIF, но на самом деле это более полный текстовый файл:

Source\tTarget\tScore
source_point\ttarget_point\t1.1
...

А затем используйте «Файл-> Импорт сети-> Файл», выберите ваш источник и цель и оставьтеоценка как атрибут края.Вы можете иметь столько атрибутов в каждой строке, сколько хотите, и даже смешивать атрибуты ребер, атрибуты исходного узла и атрибуты целевого узла.

- scooter