Как установить и запустить Cytoscape v3.8.0 на OSX не запускается - PullRequest
Новая
       156

Как установить и запустить Cytoscape v3.8.0 на OSX не запускается

0 голосов
/ 20 июня 2020

У меня проблема с последней версией Cytoscape 3.8.0. Она не запускается. Я вижу только 1022 * и ничего. Компьютер работает под управлением OSX 10.13.6. Я успешно использую версию Cytoscape 3.7.2, но хочу ее обновить. Когда я запускаю скрипт ma c. sh, я получил следующее: 

Target Cytoscape version: 3.8.0

Ваша оболочка bash Найдена совместимая версия ОС: 10.13

  • Pass: Версия ОС = 10.13.6
  • Пройдено: После Oracle JDK найден:

/ Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk-11.0.7.jdk Ошибка: Java недоступен . Попробуйте переустановить Java 11.

Я могу подтвердить, что java на месте / Library / Java / JavaVirtualMachines и версии jdk-11.0.7.jdk jdk-12.0.2.jdk jdk-14.0 .1.jdk

Я думаю, что версии 37 и 38 работают с java 11? Я переустановил java 11 с теми же результатами, что и раньше. Версия 38 не запускается. Когда я пытаюсь запустить версию 38 с терминала с помощью cytoscape. sh, я получил длинное сообщение об ошибке, которое начинается с: 

Unable to find any JVMs matching version "1.8".

karaf.base: /Applications/Cytoscape_v3.8.0/framework JAVA_HOME: null ОШИБКА: Ошибка при синтаксическом анализе оператора экспорта системного пакета: org.osgi.dto; version = "1.0", org.osgi.resource; version = "1.0", org.osgi.resource.dto; version = "1.0 ... Я могу вставить весь сообщение об ошибке при необходимости.

Есть идеи, что мне делать? Спасибо.

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 25 июня 2020

Cytoscape 3.7.x требует Java 8. Cytoscape 3.8.0 требует Java 11. Похоже, ваш java дом неверен. Если вы это сделаете:

/ usr / libexec / java_home

, он должен указывать на вашу установку java 11. На моей ма c написано:

/ Library / Java / JavaVirtualMachines / accepttopenjdk-11.jdk / Contents / Home

Обратите внимание, что «/ Contents / Home» важен. Чтобы установить свой фактический JAVA_HOME, выполните

export JAVA_HOME = /usr/libexec/java_home -v 11

Надеюсь, это поможет!

- самокат

0 голосов
/ 28 августа 2020

У меня была такая же проблема. То, что упомянул Скутер Моррис, правильно, но мне пришлось следовать дополнительной ссылке на переполнение стека , чтобы исправить это.

Это именно то, что я сделал: В моем случай, который мне пришлось запустить: /usr/libexec/java_home -V, чтобы увидеть Java виртуальные машины, которые я установил, и указать V 11, используя: 

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 11.0.7`

Затем запуск команды ./mac.sh сообщает мне, что все проверяется и Cytoscape может финнали работать :)

Изменить: я должен добавить, что я могу запускать cytoscape, только запустив его с терминала через: 

cd /Applications/Cytoscape_v3.8.0
./cytoscape.sh

Щелчок по значку приложения приводит только к сбою приложения load, но, похоже, он работает нормально, запустив его из сценария. У меня нет этой проблемы с Ma c OS 10.14, так что, возможно, проблема с версией программного обеспечения или какое-то фоновое приложение на моем компьютере мешает запуску приложения в обычном режиме.

...