Как установить Cytoscape на Google Colab? - PullRequest
Новая
       115

Как установить Cytoscape на Google Colab?

0 голосов
/ 17 июня 2020

Я бы хотел использовать Cytoscape. js (https://js.cytoscape.org/) в Google Colab. Я обнаружил здесь (https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/), что это можно сделать в Jupyter Notebooks, но документация не очень тщательная.

Вот код, который я запустил, чтобы попытаться настроить Cytoscape и CyREST (вставьте каждый блок кода сюда в отдельную ячейку в Google Colab): 

%%shell
# Install dependencies
pip install py2cytoscape
pip install dash dash-html-components
pip install dash-cytoscape
apt install g++ make libxml2-dev python-dev python3-dev zlib1g-dev

# Clone Cytoscape from Git and install
cd /usr/local/envs/cytoscape
wget https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/download/3.8.0/Cytoscape_3_8_0_unix.sh
chmod u+x  Cytoscape_3_8_0_unix.sh
sudo sh Cytoscape_3_8_0_unix.sh -q

# Run Cytoscape to check that everything was installed correctly
Cytoscape &

# Start Cytoscape
!Cytoscape &

from py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient

cy = CyRestClient()
network = cy.network.create(name='My Network', collection='My network collection')
print(network.get_id())

Это дало мне следующую ошибку: 

---------------------------------------------------------------------------
ConnectionRefusedError                    Traceback (most recent call last)
/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/urllib3/connection.py in _new_conn(self)
    158             conn = connection.create_connection(
--> 159                 (self._dns_host, self.port), self.timeout, **extra_kw)
    160 

23 frames
ConnectionRefusedError: [Errno 111] Connection refused

During handling of the above exception, another exception occurred:

NewConnectionError                        Traceback (most recent call last)
NewConnectionError: <urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7f822bd80860>: Failed to establish a new connection: [Errno 111] Connection refused

During handling of the above exception, another exception occurred:

MaxRetryError                             Traceback (most recent call last)
MaxRetryError: HTTPConnectionPool(host='localhost', port=1234): Max retries exceeded with url: /v1/styles/visualproperties (Caused by NewConnectionError('<urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7f822bd80860>: Failed to establish a new connection: [Errno 111] Connection refused',))

During handling of the above exception, another exception occurred:

ConnectionError                           Traceback (most recent call last)
/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/requests/adapters.py in send(self, request, stream, timeout, verify, cert, proxies)
    514                 raise SSLError(e, request=request)
    515 
--> 516             raise ConnectionError(e, request=request)
    517 
    518         except ClosedPoolError as e:

ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='localhost', port=1234): Max retries exceeded with url: /v1/styles/visualproperties (Caused by NewConnectionError('<urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7f822bd80860>: Failed to establish a new connection: [Errno 111] Connection refused',))

Я нашел этот фрагмент кода где-то, который должен помочь с запуском CyREST, но его запуск дал мне ту же ошибку, что и выше (которую я действительно не понимаю) 

REST_PORT = '1234' # Set to whatever rest.port is in Cytoscape preferences
REST_ENDPOINT = "http://localhost:{}/v1".format(REST_PORT)
import requests
import json
import os
from urllib.request import urlretrieve
from IPython.display import Image, display, HTML

response = requests.get(REST_ENDPOINT)
js_resp = response.json()
assert js_resp['apiVersion'] == 'v1', \
    "This notebook uses CyREST API v1, but version {} was found.".format(js_resp['apiVersion'])

print("CyREST v1 is running!")

Я предполагаю, что это проблема с порты в среде Google Colab Ubuntu, но я не знаю, как это исправить.

1 Ответ

0 голосов
/ 09 июля 2020

Для всех, кто сталкивается с этой проблемой, я узнал, что вместо этого подхода проще использовать ipycytoscape, что значительно упрощает запуск всего.

Однако Проблема как с этим подходом, так и с тем, который я описал в вопросе, заключается в том, что Cytoscape полагается на некоторые ipywidgets для вывода, и они еще не поддерживаются в Google Colab.

Вы можете следить за развитием этой проблемы здесь: github.com/googlecolab/colabtools/issues/60

...