о разнице между графиком newtwork с помощью Cytoscape

Question

Я хотел бы знать разницу между Fruchterman-Rheingold, ориентированным макетом с предварительным сглаживанием с использованием веса, гранично-взвешенным макетом с направленным усилием (Bio) и пружинным врезанием по краям.

Я хотел бы отразить веса ребер в виде графа сети. Какой из них лучше?
Fruchterman-Rheingold не является вариантом по умолчанию, верно?

Предварительно скомпонованный метод направленной силы с использованием веса и взвешенного по краям встраивания Spring имеет смысл на основе результатов тепловой карты сродства матрицы, но Взвешенная направленная сила (Био) выглядит странно .....

Я был бы очень признателен, если бы вы могли объяснить и сказать, какой из них лучше.

Answer 1

Честно говоря, не существует «лучшего» макета для гранично-взвешенных графиков. BioLayout является реализацией алгоритма Fruchterman-Rheingold, а Spring Spring - Kamada-Kawai. Направленная сила префузии, вероятно, является самой быстрой из всех алгоритмов, поскольку использует довольно быстрый интегратор. Я предлагаю использовать их все (не забудьте использовать диалог настроек макета для их настройки), а затем выберите тот, который дает вам наилучшие результаты.

- скутер