Невозможно загрузить таблицу узлов в Cytoscape из csv - PullRequest
0 голосов
/ 29 мая 2020

Я пытаюсь загрузить таблицу узлов из CSV (Файл -> Импорт -> Таблица из файла) в пустую сеть в Cytoscape версии 3.8.0, Java 11.0.7 от Ubuntu.

Проблема в том, что я ничего не получаю в «Таблице узлов» (правый нижний угол - видны только атрибуты). Я пытаюсь загрузить:

имя, тип_узла ind01, пользователь ind02, пользователь ind03, статья ind04, статья ind05, пользователь ind06, пользователь

Загрузка из файла csv

Но получите пустую таблицу узлов

Пустая таблица узлов в правом нижнем углу

Любая помощь будет принята с благодарностью, спасибо.

1 Ответ

0 голосов
/ 04 июня 2020

Да, это возможно, но немного запутанно. На самом деле вам нужно использовать File-> Import-> Network from File, даже если у вас нет краев. Просто выберите только источник и не выбирайте цель, а затем сделайте все атрибуты атрибутами исходного узла. Cytoscape делает различие между «таблицами» и «сетями». Таблицы (например, таблица узлов и таблица границ) всегда присоединяются к сети, поэтому, если у вас пустая сеть, не к чему прикреплять строки таблицы, поэтому вы получаете пустые строки. Итак, обходной путь - импортировать вашу таблицу как сеть, без ребер, и вы сможете получить то, что хотите. Обратите внимание, что когда вы попытаетесь импортировать свои ребра позже, у вас возникнет небольшая проблема - вам действительно нужно будет импортировать свои ребра как отдельную сеть, а затем использовать Network Merge.

- scooter

...