Преобразование группы или файлов SRA с помощью fastq-dump

Question

Я недавно скачал кучу файлов sra.и мне нравится конвертировать их в парные чтения fastq.Это работает следующим образом:

./fastq-dump --split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra

Но мне нужен способ конвертировать их все вместе.

Я пытался это

for i in  `ls /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra' ; do ./fastq-dump -- split-files $f; done

Но определенно делал какую-то глупую ошибку, потому что она не работает.Кто-нибудь может мне помочь, пожалуйста!Спасибо, Супарна

Answer 1

Возможно, просто меняем $ f на $ i ... опечатка:

for i in /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra
do
    ./fastq-dump -- split-files $i
done