Цвет узла Cystoscape - PullRequest
Новая
       9

Цвет узла Cystoscape

0 голосов
/ 13 декабря 2018

Я использую RCy3 R пакет, я уже построил сеть, используя некоторые данные генного выражения, как я могу покрасить некоторые узлы другим способом, отличным от стандартного?Я искал документацию пакета, но немного загадочно, есть ли кто-нибудь, кто уже сделал что-то подобное?

1 Ответ

0 голосов
/ 18 декабря 2018

В Python3 - это как ..... 

from py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient
from py2cytoscape import cyrest

cy = CyRestClient()
#Remove previous Networks !!
cy.session.delete()
cytoscape=cyrest.cyclient()

network = cy.network.create(name='Test', collection='UK Prem League')
# Add 4 Nodes
network.add_node("Prem League")
network.add_node("Newcastle")
network.add_node("Liverpool")
network.add_node("Man City")
df_network=network.get_node_table()

def get_node_id(node_str):
    return list(df_network[df_network.name==node_str]['SUID'])[0]
# Add an Edge
network.add_edge(get_node_id("Newcastle"),get_node_id("Liverpool"),True)
#Select Newcastle
cytoscape.network.select(nodeList='Newcastle',verbose=False)
#Select the node we want to set the color on
cytoscape.node.set_properties(nodeList='Selected',
                              propertyList='Fill Color',
                              valueList='Red',
                              verbose=True)

# And that's it !!
...