Я установил py2cytoscape, и он отлично работает с графическим интерфейсом в Pycharm Linux, но когда я запускаю свой код из терминалов, то эта проблема:

Question

$ python ../any.py

Трассировка (последний последний вызов):

Файл "../any.py", строка 1, из py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient

Файл "/home/admin-cbdm/.local/lib/python2.7/site-packages/py2cytoscape/data/cyrest_client.py", строка 4, из .network_client import NetworkClient

Файл "/home/admin-cbdm/.local/lib/python2.7/site-packages/py2cytoscape/data/network_client.py", строка 12, из ..util импорта util_dataframe как df_util

Файл "/home/admin-cbdm/.local/lib/python2.7/site-packages/py2cytoscape/util/util_dataframe.py", строка 88 строки = (источник, итр, цель, * дополнительные_значения) ^

SyntaxError: неверный синтаксис

Answer 1

Ваше терминальное окружение не такое, как у вас на pycharm.

Убедитесь, что у вас установлена ​​последняя версия Python 3 или Python 2.7.13 на терминале (which python и запустите python, чтобы убедиться, что вы получаете доступ к правильной версии), затем установите py2cytoscape (также убедитесь, что вы используетедоступ к соответствующему which pip).