Извлечение указанной пользователем последовательности из обратной цепи из файла FASTA с помощью samtools. - PullRequest
0 голосов
/ 18 декабря 2018

У меня есть список регионов с начальной и конечной точками.Я использовал команду "samtools faidx ref.fas region".Эта команда дает мне последовательность последовательностей в этом регионе.В руководстве samtools есть опция для извлечения обратной нити, но не может понять, как это использовать.Кто-нибудь знает, как выполнить эту команду для старта реверса в Samtools?

мои регионы похожи на LG2: 124522-124572 (вперед) LG3: 250022-250072 (назад) LG29: 4822278-4822318 (назад) LG12: 2 595 915-2 596 240 (вперед) LG16: 5 405 500 5 405 828 (назад)

...