Существует несколько способов установить размеры выбранных узлов в Cytoscape:
- При выборе этого параметра вы можете открыть вкладку «Стиль» и установить значение «обхода» для размера узла (третий столбец). настроек). Это заменит любые значения по умолчанию или сопоставленные значения (первые два столбца).
- Когда выбрано, вы можете создать новые столбцы таблицы узлов (значок плюс). Сделайте это, например, строкой или логическим значением. Затем введите значение для одной из строк, затем щелкните по нему правой кнопкой мыши и выберите «Применить ко всем выбранным строкам». Это заполнит все выбранные узлы одним и тем же значением. Теперь вы можете использовать отображение размера узла на панели «Стиль». Этот подход предпочтителен, так как выбор теперь постоянно указывается в столбце таблицы узлов и будет лучше сохранять / экспортировать / конвертировать.
- Вы также можете определить выбор в таблице (например, в Excel) со столбцомимена узлов и новый столбец (например, тот, который вы сделали вручную в варианте 2). Затем просто импортируйте таблицу.
- Вы также можете использовать RCy3, если вам нравится R ...
Что касается определения размера источника и целей: панель стилей Cytoscape не поддерживаетиметь доступ к этой модели информации. Лучший подход, вероятно, № 3 выше. Вероятно, у вас уже есть таблица, определяющая исходный и целевой узлы вне Cytoscape. Вы можете использовать это для создания явных столбцов таблицы, а затем создать сопоставление с размером узла.
Надеюсь, это поможет!