Cytoscape: попытка определить, какой из двух типов узлов является более «центральным» - PullRequest
0 голосов
/ 09 апреля 2020

Итак, у меня достаточно большой набор данных (4k + узлы, 16k + ребра), и есть два типа узлов (назовем их «A» и «B», объединенные ~ 130 узлов), которые следует рассматривать как центры многих подузлов. -networks. Я пытаюсь создать визуализацию, которая может проиллюстрировать, является ли A или B более «центральными» для этих подсетей. Иными словами, является ли А или В более «важным» типом организации? Если что-то из этого вообще имеет смысл, я буду признателен за ваши мысли. (Как заявление об отказе от ответственности, я довольно плохо знаком с программным обеспечением, но довольно хорошо разбираюсь в основах. Считайте меня прилично умным нуб-ха-ха)

1 Ответ

0 голосов
/ 09 апреля 2020

В Cytoscape включен инструмент под названием Network Analyzer (Инструменты-> Анализ сети). То, что вы просите, является мерой «центральности» узлов. Существует несколько типов показателей центральности, которые можно использовать для определения «важности» в зависимости от того, что вы подразумеваете под важностью. Network Analyzer предоставит новые столбцы с основными показателями центральности: степень центральности (степень, в которой узел является концентратором), между центральностью (степень, в которой пути go через этот узел) и центральностью близости (степень, в которой этот узел близок к другим узлам). См. https://cytoscape.org/cytoscape-tutorials/presentations/intro-cytoscape-2020-ucsf.html# / 12 для краткого обсуждения некоторых общих мер централизации сети.

- scooter

...