Как создать сетевой файл из не сетевого файла?

Question

У меня есть входной файл, который выглядит следующим образом:

ID  Attribute1  Attribute2  Attribute3  Attribute4  Attribute5  Attribute6
1   UNIQ1-1     Common2-1   UNIQ3-1     UNIQ3-1     UNIQ5-1     UNIQ6-1
2   UNIQ1-2     Common2-1   UNIQ3-2     UNIQ3-2     UNIQ5-2     UNIQ6-2

И я хотел бы получить исходный / целевой файл, например:

Source  Target
1       UNIQ1-1
UNIQ1-1 Common2-1
Common2-1   UNIQ3-1
UNIQ3-1 UNIQ3-1
UNIQ3-1 UNIQ5-1
UNIQ5-1 UNIQ6-1
2       UNIQ1-2
UNIQ1-2 Common2-1
Common2-1   UNIQ3-2
UNIQ3-2 UNIQ3-2
UNIQ3-2 UNIQ5-2
UNIQ5-2 UNIQ6-2

Должен ли я использовать внешний инструмент или это выполнимо непосредственно в Cytoscape или в другом инструменте визуализации сети? Цель состоит в том, чтобы выделить общий знаменатель в больших файлах данных.

Answer 1

Конечно, вы можете сделать это непосредственно в Cytoscape, но это будет несколько трудоемким. Вам нужно будет многократно читать файл, выбирая первый и второй столбцы в качестве источника и целевые значения в первый раз, затем второй и третий столбцы и т. Д. c. В итоге вы получите серию «строк», где каждая строка представляет строку в вашей таблице.

Я подозреваю, что гораздо более простой способ сделать это - использовать RCy3 или py2Cytoscape и просто откройте ваш файл в R или python, а затем вставьте его в Cytoscape таким образом.

- scooter