Проблемы с Cytoscape на Ubuntu 19.10 - PullRequest
Новая
       41

Проблемы с Cytoscape на Ubuntu 19.10

0 голосов
/ 17 апреля 2020

Я использую Ubuntu 19.10 и у меня проблемы с запуском Cytoscape, несмотря на наличие Java 11:

Сообщение об ошибке: 

Your current $PATH: 

/home/kimani/anaconda3/bin:/usr/local/ncbi/sra-tools/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/cd-hit:/usr/lib/cd-hit 

Checking $JAVA_HOME 

Error: $JAVA HOME is not set

If you don't have Java yet, please download JDK from Oracle web site:

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

Don't forget to select correct version. 
Your machine type is: x86_64

Checking Connection to Cytoscape App Store 

 - Checking connection to Cytoscape App Store...

apps.cytoscape.org has address 52.34.133.210

 - Result: 4 packets transmitted, 0 received, +4 errors, 100% packet loss, time 3002ms
Error: Seems connection to App Store is unstable.

traceroute result:
traceroute to apps.cytoscape.org (52.34.133.210), 30 hops max, 60 byte packets
 1  _gateway (10.10.10.254) 0.992 ms  1.492 ms 2.039 ms
 2  10.40.0.1 (10.40.0.1) 3.642 ms  3.701 ms 3.680 ms
 3  172.16.180.34(172.16.180.34)  8.137 ms  8.459 ms 8.375 ms
 4  172.16.180.186(172.16.180.186)  17.366 ms 17.699 ms  17.686 ms
 5  172.16.180.185(172.16.180.185)  18.061 ms 18.037 ms  18.019 ms

Изображение для лучшего чтения:

1 Ответ

0 голосов
/ 23 апреля 2020

Есть несколько вещей, которые вы можете попробовать. Во-первых, выполните which java в вашей оболочке, чтобы убедиться, что есть путь к установленному Java 11. Во-вторых, если вы видите установленный Java на своем пути, попробуйте выполнить java -version , чтобы убедиться, что отображается правильное значение Java. Наконец, не могли бы вы попробовать запустить Cytoscape из оболочки, чтобы отловить ошибки вывода. По умолчанию это будет /opt/Cytoscape_v3.8.0/cytoscape.sh.

Спасибо!

- скутер

...