Я пытаюсь использовать Cytoscape и приложение ANIMO впервые, но у меня проблемы и я застреваю. Любая помощь приветствуется!!
Я использую простые тестовые сети (2-3 узла), но я получаю повторяющуюся ошибку при попытке проанализировать сети. Если я запускаю Cytoscape из оболочки, я получаю следующее:
<code>karaf@Cytoscape 3.7.2()> SLF4J: Failed to load class "org.slf4j.impl.StaticLoggerBinder".
SLF4J: Defaulting to no-operation (NOP) logger implementation
SLF4J: See http://www.slf4j.org/codes.html#StaticLoggerBinder for further details.
animo.core.analyser.AnalysisException: Error during analysis: <pre>java.lang.Exception: [/Users/Carla/CytoscapeConfiguration/3/karaf_data/tmp/ANIMO7219678590825060215.xml] Verify result: 134
empty result
HTTP/1.1 400 Bad Request
Date: Wed, 04 Mar 2020 16:48:28 GMT
Server: Apache/2.4
Content-Length: 226
Connection: close
Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//IETF//DTD HTML 2.0//EN">
<html><head>
<title>400 Bad Request</title>
</head><body>
<h1>Bad Request</h1>
<p>Your browser sent a request that this server could not understand.<br />
</p>
</body></html>
(current directory: /Applications/Cytoscape_v3.7.2/framework/.)
at animo.core.analyser.uppaal.UppaalModelAnalyserSMC.analyze(UppaalModelAnalyserSMC.java:666)
at animo.cytoscape.RunAction$RunTask.performNormalAnalysis(RunAction.java:141)
at animo.cytoscape.RunAction$RunTask.run(RunAction.java:312)
at org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager$TaskRunnable.innerRun(JDialogTaskManager.java:321)
at org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager$TaskRunnable.run(JDialogTaskManager.java:352)
at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
в animo.core.analyser.uppaal.UppaalModelAnalyserSM C .analyze (UppaalModelAnalyserSM C. java: 683) в animo.cytoscape.un $ RunTask.performNormalAnalysis (RunAction. java: 141) для объекта animo.cytoscape.RunAction $ RunTask.run (RunAction. java: 312) для объекта org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager $ TaskRunnMagerManager $ TaskRunnableD.Jun . java: 321) в org.cytoscape.work.internal.task.JDialogTaskManager $ TaskRunnable.run (JDialogTaskManager. java: 352) в java .util.concurrent.Executors $ RunnableAdapter.call (Исполнители. 1036 *: 511) в java .util.concurrent.FutureTask.run (FutureTask. java: 266) в java .util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker (ThreadPoolExecutor. java: 1149) в java .util.concurrent.ThreadPoolExecutor $ Worker.run (ThreadPoolExecutor. java: 624) в java .lang.Thread.run (Тема. java: 748) Причина: java .lang.Exception: [/ Users / Carla / CytoscapeConfiguration / 3 / karaf_data / TMP / ANIMO7219678590825060215. xml] Результат проверки: 134 пустых результата HTTP / 1.1 400 Неверная дата запроса: среда, 04 марта 2020 г. 16:48:28 GMT Сервер: Apache / 2.4 Длина содержимого: 226 Подключение: закрыть Тип содержимого: текст / html; кодировка = изо-8859-1 400 Плохой запрос
Плохой запрос
Ваш браузер отправил запрос, который этот сервер не может понять.
(текущий каталог: /Applications/Cytoscape_v3.7.2/framework/.) По адресу animo.core.analyser.uppaal.UppaalModelAnalyserSM C .analyze (UppaalModelAnalyserSM C 6 * 10: 10 * 10). ) ... еще 9
Я также запустил скрипт устранения неполадок и получил это ...
Target Cytoscape version: 3.7.2
Your shell is bash
Compatible OS version found: 10.14
- Pass: OS Version = 10.14.6
- Pass: Following Oracle JDK found:
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_151.jdk
- Pass: Current Java Version = 1.8.0_151
- Pass: JAVA_HOME found: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_151.jdk/Contents/Home
Checking connection to Cytoscape App Store...
5 packets transmitted, 0 packets received, 100.0% packet loss
Looks connection to App Store is unstable.
Please check firewall setting from System Preference.
traceroute result:
traceroute to apps.cytoscape.org (52.34.133.210), 64 hops max, 52 byte packets
1 172.27.109.254 (172.27.109.254) 1.542 ms 1.095 ms 1.026 ms
2 …
Я проверил параметры брандмауэра на своем Ma c, и Cytoscape установите «Разрешить входящие соединения». Я очень большой биологический пользователь, поэтому понятия не имею, как go вперед ...
Большое спасибо за вашу помощь !!
СМ