Можно использовать ваше приложение для рисования на окнах других приложений. Как только вы нашли нужное окно, у вас есть HWND, вы можете использовать его так же, как это было ваше собственное окно для рисования. Но так как это окно не знает, что вы сделали это, оно, вероятно, испортит все, что вы на нем нарисовали, когда попытается перерисовать себя.
Есть несколько очень сложных способов обойти это, некоторые из них включают использование оконных "хуков" для перехвата рисования сообщений в этом окне, чтобы вы знали, когда оно было перерисовано, чтобы вы могли также выполнить перерисовку.
Другой вариант - использовать области отсечения в окне. Это может позволить вам придать окну необычную форму, и все, что находится за ним, будет выглядеть правильно.
Есть также способы взять на себя рисование фонового окна рабочего стола, и вы действительно можете запустить приложение, которое рисует анимацию и прочее на заднем плане рабочего стола (пока рабочий стол еще можно использовать). По крайней мере, это было возможно до XP, не уверен, изменилось ли это в Vista / Win7.
К сожалению, все эти опции слишком сложны, чтобы углубляться в них без дополнительной информации о том, что вы пытаетесь сделать.