Способ сделать это - не проецировать NPOT на POT, а загрузить POT и соответственно манипулировать UV-координатами в буфере координат текстуры. Прямо сейчас у вас, вероятно, есть что-то вроде этого:
private float textureCoords[] = {
0.0f, 1.0f,
0.0f, 0.0f,
1.0f, 1.0f,
1.0f, 0.0f
};
Для УФ-наложения текстуры на квад. Изменение значений на значение, отличное от 0,0 или 1,0, будет соответственно обрезано. Убедитесь, что вы правильно выбрали эти значения, иначе в ваше изображение попадет какой-то цвет.