Я пытаюсь использовать OpenACC для ускорения пакета Samtools, вставляя прагмы в соответствующие циклы for.
linux86-64/19.4/bin/pgcc -acc autopar -ta=tesla config.h stats.c
Я получаю следующее сообщение об ошибке:
stats.c:
PGC-F-0206-Can't find include file config.h (stats.c: 41)
PGC/x86-64 Linux 19.4-0: compilation aborted
Я проверил, и файл config.h находится в том же каталоге, что и файл stats.c. Так что я не уверен, как решить эту ошибку, чтобы я мог ускорить графические процессоры samtools.
Я также пытался установить samtools после добавления прагм в программу stats.c, но не вижу разницы в ускорении. Я также проверяю, используется ли GPU во время выполнения, например, когда я использую сортировку samtools, и никакие графические процессоры не используются.