Я хочу скачать файлы fastq из базы данных SRA, используя SRR ID, используя Snakemake. Я прочитал...

У меня есть правило, которое запускает trimGalore для ряда файлов на основе результатов предыдущего...

Мой рабочий процесс snakemake живет под контролем версий в репозитории git.Я имею возможность...

Я добавил правило get_timezone_periods с подстановочными знаками на входе и выходе, но не работает...

У меня есть входной файл для каждого пользователя (его имя имеет форму db-user.participant). Я хочу...

Я продемонстрирую в простом примере, у меня есть два файла с именами a.map и a.ped, которые имеют...

Я новичок в Snakemake и пытаюсь разработать несколько конвейеров.Я сталкиваюсь с некоторыми...

Я написал этот маленький R-скрипт для создания графиков данных покрытия последовательности ДНК, где...

У меня есть правило, которое перебирает файл, извлекает пути к файлам Fastq и запускает trimGalore...

Я пытаюсь включить скрипт Python в правило Snakemake, я хотел бы передать переменные, определенные...

Я новичок в snakemake и пытаюсь создать конвейер, который будет иметь образец файла в конфигурации....

Состояние FAQ, нет опции для указания точки монтирования локального хранилища узла на snakemake, а...

У меня есть файл конфигурации, который выглядит следующим образом: params: - a: - sample: sample_A...

Я использую Snakemake для выполнения некоторых правил, и у меня есть проблема с одним из них: rule...

Есть ли способ использовать значение другой переменной расширения в функции расширения?Например,...

Я пытаюсь запустить Snakefile, используя snakemake, который отлично работает, когда я захожу в...

До сих пор я использовал snakemake для генерации отдельных сюжетов с помощью snakemake. Это...

У меня довольно сложный конвейер, который мне нужно запустить в кластере slurm, но я не могу...

Я хочу получить использование ЦП и ОЗУ конвейера Snakemake во времени.Я запускаю свой конвейер в...

Если у меня есть рабочий процесс создания змеи, и я уже выполнил все правила, я хочу вывести...

Я запускаю Snakemake в SLURM кластере, и у меня такая проблема: кластер позволяет мне отправлять...

Я использую snakemake для некоторой автоматизации, и у меня возник вопрос о том, какое правило не...

У меня есть полностью функциональный рабочий процесс Snakemake, но я хотел бы добавить правило, в...

У меня есть рабочий процесс snakemake для проекта metagenomics.В какой-то момент рабочего процесса...

В частности, я хочу получить доступ к опции notemp, чтобы удалить дополнительные временные файлы...