Возможно ли, чтобы файл snakemake и / или файлы правил были настроены для выполнения определенных...

Я впервые устанавливаю новый конвейер snakemake и сталкиваюсь с проблемой с кодом. Сначала я...

Я пытаюсь использовать snakemake --dag или snakemake --rulegraph по трубопроводу до dot, но в итоге...

У меня есть правило, которое запускает инструмент для нескольких сэмплов (некоторые не работают), я...

У меня есть вопрос о правильной обработке файла конфигурации.Я пытаюсь решить свою проблему в...

У меня есть два класса выборок, которые будут обрабатываться различными параметрами в первом...

В Snakefile, поток ключевых слов, приоритет, ресурсы могут быть указаны в правиле.Они также могут...

Я использую кластер slurm для запуска заданий по созданию змей.Моя проблема в том, что мне не...

Я написал несколько R-скриптов и хотел бы использовать snakemake для их интеграции в конвейер...

Я пытаюсь исправить Змеиный файл.Существует два правила (см. Код ниже), каждое из которых будет...

Вот пример того, что я пытаюсь сделать: mydictionary={ 'apple': 'crunchy fruit'...

У меня проблемы со Snakemake, до сих пор я не нашел подходящей информации в документации (или...

Я пытаюсь создать среду Conda с Snakemake на лету. Попытка не удалась с: OpenSSL.SSL.Error:...

У меня есть код, который я включаю в конвейер Snakemake.Я также хочу иметь возможность запускать...

Я пишу конвейер RNA-seq, используя Snakemake в течение недели. Я до сих пор не знаю рабочий порядок

Я пишу свой конвейер RNA-seq, используя Snakemake.Когда я писал последнюю часть rule fpkm, которая...

Я всегда получаю одно и то же сообщение об ошибке в моем конвейере RNAs-seq от snakemake:...

Рассмотрим два файла snake, один основной файл и один подпроцесс: / Snakefile:. subworkflow sub:...

Я хочу использовать snakemake для написания моего конвейера RNA-seq, но он всегда сообщает об одних...

Я создал рабочий процесс в snakemake, у меня проблема, когда я хочу запустить только одно правило....

Я работаю в GNU / Linux Ubuntu 16.04.5. У меня есть следующее правило в Snakefile: rule cutadapt:...

Snakemake позволяет создавать журнал для каждого правила с параметром log, который указывает имя...

У меня есть массив xx = [1,2,3], и я хочу использовать Snakemake для создания списка (пустых)...

Как я могу заставить Snakemake отображать только поля Job counts при пробном запуске?При выполнении...

Я перемещаю рабочий процесс Snakemake, который я разработал в кластере LSF окружение (например,...