Я хочу сделать все возможное, используя несколько инструментов / пакетов. Мой environment.yml файл...

Я сделал простой конвейер, где я беру пару файлов, объединяю их (ну, не совсем, но давайте...

Привет, я новичок в Snakemake и у меня есть вопрос.Я хочу запустить инструмент для нескольких...

У меня есть один входной файл, каждая строка которого соответствует одной последовательности, и мне...

Так что я пытаюсь построить конвейер, используя snakemake, и у меня есть небольшая проблема с...

У меня есть три файла BAM с одной ячейкой из 3 разных образцов, которые мне нужно разделить на...

Я ищу некоторую основную информацию об использовании Snakemake обработки моего R-конвейера

Я пытаюсь использовать Snakemake на AWS EKS, выполняя команды оболочки в контейнерах сингулярности....

Добавление .g.vcf вместо .vcf после того, как переменная в правиле расширения каким-то образом...

Я пытаюсь передать некоторые задания по созданию змеи в кластер кондоров с помощью следующей...

Даже если выходные файлы уже здесь, Snakemake хочет повторно выполнить весь мой конвейер только...

У меня есть правило в рабочем процессе snakemake, которое может создавать пустой выходной файл, в...

Мой конвейер snakemake утверждает, что мой код вызывает ненулевой код завершения всякий раз, когда...

Мне интересно, возможно ли запустить весь трубопровод Snakemake в пустом месте? Я понимаю, что...

Общая проблема, которую я пытаюсь решить, - это способ подсчета количества операций чтения,...

Я пытаюсь создать правило, которое будет работать одинаково для каталога и любого его подкаталога...

Я хочу разделить несколько файлов BAM на заранее определенное количество файлов BAM меньшего...

У меня есть сценарий, в котором имена выходных файлов программы не согласованы, и, следовательно, у...

Я хочу применить один и тот же подпроцесс к каждому из подкаталогов X. Есть ли способ использовать...

В отличие от поведения Python по умолчанию, Snakemake останавливает выполнение после...

Я работаю над созданием змеи, чтобы создать конвейер для моей работы. Мои входные файлы (Примеры...

Я записал поток GATK mutect2 creatPoN с помощью snakemake. Затем он выдал ошибку...

Я довольно новичок в использовании Snakemake, и я посмотрел вокруг на SO, чтобы увидеть, есть ли...

Я написал простой конвейер ChIP-seq в Snakemake, используя файл конфигурации в формате JSON, и...

Я использую Snakemake для организации конвейера анализа. Некоторые задачи очень малы (например,...