У меня проблемы с печатью вида из моих файлов фаста Входной файл такой: >NP_842573.1 chromosomal...
У меня на самом деле есть такие файлы: >seq1:QXQXQWQ:XQWQ ACTG >seq3:WCCWHWJ:WGH ATGC...
Обычный файл fasta с длиной чтения 120 nt: 'single_mapped.fa' Файл CSV содержит 10000 20-метров и...
У меня на самом деле есть огромный файл multitifasta seq, такой: >Seq_1_0035_0035 ATTGGAT...
Мне интересно, как Bio.PDB идентифицирует остаток как гетеро-остаток. Я знаю, что метод Остаток.ид...
Я несколько озадачен странным поведением в библиотеке difflib. Я пытаюсь найти перекрывающиеся...
У меня проблемы с сохранением данных в CSV-файл. Я пытаюсь разделить аминокислоты в этом гене на...
У меня есть идентификатор PubMed тезисов, например, 10748870. Я хотел бы получить дату публикации...
В настоящее время я работаю над проектом класса, который требует от меня извлечения данных с...
Я пытался прочитать последовательность фаста, но почему-то она всегда пропускает последнюю...
Я пытаюсь автоматизировать бластные выходы из нескольких файлов в каталоге. Переменные здесь жестко...
У меня есть файл с несколькими именами, такими: seq1 seq9 seq3 seq7 seq5 seqi seqn.... и другой...
То, что я хотел бы сделать, это сделать все непоследовательные последовательности записи GenBank в...
Как я могу это сделать? Я использую Biopython и уже видел руководство. Конечно, я могу сделать...
Я новый пользователь Python и попытался импортировать файлы в формате genbank и fasta.В своей...
Я хочу вычислить все три двугранных угла в остатке. calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4)...
from Bio.PDB import * parser=PDBParser() structure=parser.get_structure('cal1','3CLN
У меня есть файл gb, и мне нужно извлечь из него некоторые специфические особенности: названия и...
Я столкнулся с ошибкой, которую не могу устранить. Я пытаюсь выполнить самый простой набор команд,...
Итак, я работаю над проблемой, когда мне приходится находить различные повторения строк после...
У меня есть набор (белковых) последовательностей, которые были найдены с помощью программного...
Я написал этот варварский скрипт для создания перестановок строки символов, которые содержат n (до...
из строки скажем dna = 'ATAGGGATAGGGAGAGAGCGATCGAGCTAG' у меня есть подстрока скажем dna.format =...
Например, если у меня есть строка 'ATGAGGGATAGAGGGTTGGGAGAGATGGATAGGGGATAGATTG', я должен получить...
Я пытаюсь проанализировать файл fasta в Biopython, используя следующий код. Как я могу решить эту...